O MGPSS possui duas linhas de pesquisa:

1) Promoção, Educação, Gestão e Práticas de Saúde

- Projeto estruturante 1: Políticas públicas de saúde, gestão estratégica e planejamento em saúde;

- Projeto estruturante 2: Promoção, prevenção e reabilitação em saúde integrando campos de saberes das áreas humanas e saúde.

2) Vigilância em Saúde

- Projeto estruturante 1: Estudos epidemiológicos, vigilância de agravos e avaliação dos serviços de saúde;

- Projeto estruturante 2: Determinantes sociais, econômicos, ambientais do processo saúde-doença.