A organização das linhas de pesquisa do programa considerou a natureza científica das atuações e produções provenientes dos grupos de pesquisa originários, bem como as demandas dos problemas regionais. Dessa forma, os pesquisadores e projetos foram nucleados em duas linhas: 

Linha de pesquisa 1 - Planejamento e Qualidade Ambiental

A linha de Planejamento Ambiental congrega pesquisadores que atuam predominantemente estudando e desenvolvendo tecnologias e processos para a avaliação da qualidade dos recursos naturais, dos ambientes de trabalho, bem como dos aspectos socioculturais dos ecossistemas

Linha de pesquisa 2 - Saúde e Meio Ambiente.

A linha de Saúde e Meio Ambiente possui pesquisadores que investigam as modulações do ambiente na saúde humana, bem como, desenvolvendo conhecimento para o subsídio de políticas públicas que proporcionem a promoção da saúde pública através da melhoria da qualidade ambiental.